ChIP+SIM看减数分裂过程中的RPA、RAD51、DMC1
2020-09-15 14:12
北京德泉兴业
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之前我们整理分享过一系列关于减数分裂的文章，最近又上线一篇，将ChIP－seq、SIM超分辨两大技术联合使用，追踪减数分裂中的关键事件DNA损伤修复，具体内容如下：
先搭建模型：减数分裂过程中，组蛋白甲基转移酶PRDM9修饰组蛋白，“标记”损伤发生的位点，SPO11切割DNA，引发DNA双链损伤（DSB）。DSB发生后RPA、DMC1、RAD51参与DSB修复，作者构建了一种杂交小鼠，可识别区分出小鼠两条同源染色体（便于追踪同源介导修复过程中的损伤染色体、模板染色体），利用ChIP－seq技术追踪DSB修复过程中RPA、DMC1、RAD51在DNA序列上的分布情况
宽泛的看一下DSB数（SPO11指示）、RPA、DMC1、RAD51之间的关系，发现它们正相关
ChIP－seq数据发现损伤位点（SPO11指示）附近RPA、DMC1、RAD51有独特的分布方式：DMC1、RPA聚集到损伤处，在损伤处密度最高，而RAD51围着损伤处呈双峰分布
DSB后的修复依赖同源染色体作为模板，作者搭建的系统可区分两条同源染色体，即除了能看损伤链上RPA、DMC1、RAD51的分布外，还能看同源的模板链上RPA、DMC1、RAD51的分布，发现模板链上没用DMC1、RAD51分布，有RPA分布
DMC1分布峰在损伤处，而RAD51分布峰距离损伤处较远，暗示两者并非完全共定位，作者实际用SIM超分辨进行了验证，发现两者的确只是部分共定位
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