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ChIP+SIM看减数分裂过程中的RPA、RAD51、DMC1

SIM做的很严谨,还互换了荧光标记又做了一遍

DMC1、RAD51看的差不多了,开始看RPA,在DSB初期RPA结合到DNA断开处露出的单链DNA上,而后会被DMC1、RAD51取代(这两个家伙介导单链DNA入侵同源双链),进一步审视ChIP-seq数据发现RPA覆盖的区域恰好是DMC1和RAD51的总和 – 和已经报道的结果一致

RPA会被DMC1、RAD51取代,这没问题(以往的报道、作者的结果都说明了这一点),但被取代后RPA是否还会在DNA上待着并不清楚,作者比较了雄性小鼠常染色体及性染色体中的X染色体(Y比X短一截,因此X染色体有一部分可以说缺乏可以配对的同源染色体),可见,在X染色体上DMC1、RAD51随损伤增加密度都增加,且增速高于常染色体,但RPA增速却低于常染色体,暗示修复模板上存在RPA,X染色体因为有一部分缺乏配对的修复模板,造成RPA密度低了下来(前面的数据也看到了修复模板链上存在RPA)

作者从ChIP-seq数据中还发现RPA、DMC1、RAD51在损伤的DNA两条单链上分布并不等量

RPA会结合损伤模板,看损伤链DMC1、RAD51和修复模板链RPA的关系,发现DMC1峰对应RPA峰,都在损伤位点附近,而RAD51分布在离损伤位点较远的地方,且对应的模板链上几乎没用RPA分布

最后来个模式图:DMC1结合在靠近损伤的位置,RAD51挨着DMC1,两者一起介导损伤链入侵同源模板链,同源模板链处有RPA结合稳定同源介导修复中间体

挺好玩的一篇文章,把具备碱基分辨率的ChIP-seq技术和SIM超分辨技术一起使用,追踪一个经典的细胞行为 - DNA损伤修复,复现前人结论,呈现一下观察到的现象……

Anjali Gupta Hinch, Philipp W. Becker, Tao Li, et al. The Configuration of RPA, RAD51, andDMC1Binding in Meiosis Reveals the Nature of Critical Recombination Intermediates [J]. Molecular Cell , August 20, 2020.

此次文章交流会

主题:CNS前沿文献追踪 – 病毒衣壳在细菌内部的运动模式

时间:9月17日 周四 19:00 - 20:00

主讲人:于博士

参考文献:

Kate McArthur, Lachlan W. Whitehead, JohnM. Heddleston, Lucy Li, et al. BAK/BAX macropores facilitate mitochondrialherniation and mtDNA efflux during apoptosis.[J]. Science, 23 February 2018.

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